二帝書院位於錦田水頭村，由錦田鄧族興建。鄧族早於十一世紀已開始定居於錦田一帶的肥沃平原。相傳二帝書院建於道光（一八二一至一八五○年）末年以供奉文昌和關帝，並提供講學及教學之所。二帝神像原供奉於書院附近的風水塔。該塔相傳能幫助族中子弟高中科舉，但其後遭拆卸，村內十六名士紳遂籌組鄧二帝會，負責建造和開辦一間以二帝命名的書院，供奉二帝。二帝書院純作教學用途，故結構簡單實用，修繕工程於一九九四年底完成，現已開放供市民參觀。
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