河上鄉居石侯公祠始建於明朝末年，據侯氏族譜所載，該祠為侯族十七世祖侯居石所建。從懸於正門的牌匾年份推斷，居石侯公祠曾於清乾隆二十七年（公元一七六二年）進行修繕。
居石侯公祠是傳統的三進兩院式建築。前院兩旁建有廂房，中進設有供奉歷代祖先神位的神龕。後進樓高兩層，曾用作村校，一樓為課室，地下為老師寢室，學校已於二次大戰時停辦。現時，居石侯公祠仍是村民祭祖和舉行傳統儀式的場所，也是侯族日常聚會議事的地方。
居石侯公祠正面的鼓台與門框均以紅砂岩建造，紅砂岩是傳統用於重要建築物的貴重材料。祠堂的屋脊飾有精緻的灰塑裝飾，建築物內外的駝峰、檐板及繫樑所雕刻的吉祥圖案及民間故事，也極為細緻華美。
居石侯公祠於2003年12月19日列為法定古蹟，受《古物及古蹟條例》保護。